专为运输要求保持一定温度的冷冻货或低温货而设计的集装箱。它分为带有冷冻机的内藏式机械冷藏集装箱和没有冷冻机的外置式机械冷藏集装箱。适用装载肉类、水果等货物。冷藏集装箱造价较高，营运费用较高，使用中应注意冷冻装置的技术状态及箱内货物所需的温度。
气调冷藏集装箱具有一般机械式冷藏集装箱的所有制冷功能，同时装有一种气调设备，可以调节和控制箱体内的空气成分，以减弱新鲜果蔬的呼吸强度，从而减缓果蔬的成熟进度，达到保鲜的目的。
气调保鲜的关键是调节和控制货物储存环境中的各种气体的含量。常见的是用充氮降氧方法来降低环境中的氧气含量，控制乙烯含量，减缓果蔬成熟。气调冷藏集装箱的气密性要求较高，一般要求漏气率不超过2m³/h。
采用气调冷藏集装箱运输具有保鲜效果好、储藏损失少、保鲜期长和对果蔬无任何污染的优点。但由于采用气调设备后，技术要求高，冷藏集装箱价格高，因此使用还不普遍。
冷藏集装箱可用于多种交通运输工具进行联运
可以从产地到销售点，实现“国到国”直达运输，
一定条件下，可以当作活动式冷库使用
使用中可以整箱吊装，装卸效率高，运输费用相对较低。
装载容积利用率高，营运调度灵活，使用经济性强。
新型冷藏集装箱结构和技术性能更合理先进，有广泛适用性。
⒈冷藏箱装货后应检查冷藏或冷冻货的原有质量，并在货单上加以说明。
⒉在装箱过程中，应严格装货堆码原则，避免冷风短路造成降温不平衡，降低制冷装置的制冷效率。
⒊冷冻货长距离运输时，箱内设定温度与设定温度差不能超过3℃。若运送冷却货，其温度误差应不大于0.5℃，不大于0.25℃。
⒋集装箱运送新鲜水果、蔬菜等，应及时打开新风口，进行通风换气。但运送冷冻货时，应关闭新风口。
⒌在运送纸盒包装的冷却货时，应根据室外气温及湿度情况，及时进行通风，保持箱内空气的干燥，防止包装箱外表面凝露。