冷藏集装箱（Reefer container）是指一种有良好隔热，且能维持一定低温要求，适用于各类易腐食品的运送、贮存的特殊集装箱。
冷藏集装箱的基本类型有保温集装箱、外置式冷藏集装箱、内藏式冷藏集装箱、液氮和干冰冷藏集装箱、冷冻板冷藏集装等。
隔热集装箱的特点是箱体本身结构简单，箱体货物有效装载容积率高，造价便宜。适合大批量、同品种冷冻或冷藏货物在固定航线上运输。其缺点是缺少灵活性，对整个运输线路上的相关配套设施要求高。
另外一种是夹套冷藏集装箱，这种冷藏集装箱的特点是沿着箱壁有一个供冷空气循环的通道——夹套。这种冷藏集装箱的优点是货物的装载不影响空气的循环，因而不影响温度的分布；其次，夹套空间的全部容积都用于装载货物，这一点对装运低密度的货物是非常有利的。这种集装箱不能装有呼吸的货物，一般用来装运冻结货物。
冷藏集装箱运送冻结货时通常使用温度应不高于-18℃。通常英尺冷冻集装箱，平均降温速度为31.3℃ /h（空箱）；但装货后，由于货物热容量较大，降温速度会大大减慢，有时达到设定温度要求需要15-16h。若进货温度较高，则达到设定温度需要2-3d。