专为运输要求保持一定温度的冷冻货或低温货而设计的集装箱。它分为带有冷冻机的内藏式机械冷藏集装箱和没有冷冻机的外置式机械冷藏集装箱。适用装载肉类、水果等货物。冷藏集装箱造价较高，营运费用较高，使用中应注意冷冻装置的技术状态及箱内货物所需的温度。
制冷加热集装箱
制冷加热集装箱是指设有制冷装置（机械式制冷或耗用制冷剂制冷）和加热装置的冷藏集装箱。这种集装箱不仅有制冷装置，而且具有加热装置，可以根据需要采取制冷或加热手段，使冷藏集装箱内的温度控制在所设定的范围内，一般箱内控制温度范围为一18℃～38℃。
隔热集装箱是指不设任何同定的、临时附加的制冷和或加热设备的冷藏集装箱。隔热集装箱具有良好的隔热性能，为实现其保温功能，必须有外接制冷或加热设备，向箱内输送冷风或热风以达到保温目的。
另外一种是夹套冷藏集装箱，这种冷藏集装箱的特点是沿着箱壁有一个供冷空气循环的通道——夹套。这种冷藏集装箱的优点是货物的装载不影响空气的循环，因而不影响温度的分布；其次，夹套空间的全部容积都用于装载货物，这一点对装运低密度的货物是非常有利的。这种集装箱不能装有呼吸的货物，一般用来装运冻结货物。