医院专用新风系统可以将进出空气的能量进行交换，调节室内温度。在夏季，室内空调开启，室外的热空气引入时进行能量交换，预冷交换之后送入室内;冬季，使用暖气，室外的冷空气引入进行预热交换之后送入室内。能量交换避免室内温度变化较大，使室温保持稳定。
普通新风系统由于回风等问题容易引发交叉污染，据此，医院引入新风系统时，将要更加考虑满足医院内空气品质及新风量的需要的同时，避免交叉感染等现象。尤其对于隔离病房，为了防止病人携带的病菌扩散到走廊及其他病房，造成其他人员的感染，医院新风系统会将隔离病房设置成相对于走廊为负压。在其卫生间设置排风，排风引入到医院新风机组；隔离病房排风利用负压局部排风单元处理后排出室外对于普通病房，也将其设置为负压。送、排风系统与隔离病房相似。
医院是全年无休的地方，每天都在接待各种病人，医院门诊及病房、儿科每天人流量大，而且又是聚集多的地方，加之原本通风设备效果不佳，、病毒到处有，药水、药剂气味使得医院的空气污染愈加严重。特别是在某些特殊的病房、手术室或者无菌室，更需要采用高度洁净的医院新风系统净化室内空气。安装医院新风系统能够切断传播的途径，改善医院空气品质，防止医院内的交叉感染。要是没有洁净新鲜的空气及时有效的流通，就会雪上加霜给人体带来巨大的伤害。
建筑密闭性好，易出现因湿气大而发霉的现象，新风净化系统可除去室内的湿气，避免室内家具、衣物发霉。医院专用新风系统的排风系统采用1:8模式，能迅速将室内垃圾、新家具、等散发出来异味排出室外，防止厨房、卫生间出现异味，让空气整日都清新。